BGI, DNA Veri Seli ile NVIDIA Tesla GPU’lar Kullanarak Başa Çıkabiliyor

Dünyanın En Büyük Genom Bilimi Enstitüsü Uygun Maliyetli Kişiselleştirilmiş Tıp Alanındaki Öncü Çalışmalarında GPU’ları Kullanıyor

BGI’nın NVIDIA Tesla GPU tabanlı sunucu çiftliği

TÜRKİYE, İstanbul—14 Aralık 2011 — NVIDIA bugün, dünyanın en büyük genom bilimi kurumu BGI Enstitüsü’nün NVIDIA® Tesla™ GPU tabanlı bir sunucu çiftliği kullanarak toplu DNA dizilimi verilerini inceleme süresini yaklaşık dört günden yalnızca altı saate indirdiğini duyurdu.

Bu hızlanma, bir DNA molekülünü oluşturan kimyasal yapı bloklarının uygun maliyetli bir şekilde belirlenmesinde önemli bir adım olarak düşünülmektedir. Bu, genom biliminin hasta tedavisinin pratik bir bileşeni olarak klinik teşhis testlerinde kullanılabileceği bir nokta olan 1.000 genom hedefine ulaşılmasında büyük önem taşımaktadır.

BGI yüksek hesaplama başkanı Dr Bingqiang, “Veri giriş çıkışının çok yoğun olduğu sıralama makinelerimizin her gün oluşturduğu genom verileri arasında boğuluyoruz” dedi. “Genom analizi uygulamalarımızın GPU ile hızlandırılması, bilim adamlarımıza bugüne kadar görülmeyen hızlarda veri inceleme ve bakteri, bitki ve insanlara yönelik sezgiler geliştirme olanağı vermektedir. Araştırmacılara ve sağlık profesyonellerine yüksek derecede verimli ve uygun maliyetli ilaçlar ve tedaviler belirleme potansiyelini sunmaktadır.”

BGI araştırmacıları ve çalışma arkadaşları, NVIDIA Tesla GPU’lar tarafından hızlandırılan üç genom veri analizi uygulaması geliştirdiler:

• SOAP3 hizalayıcı – Sıralama makinesinden yapılan kısa okumaları mevcut referans genom sıraları ile hizalar. SOAP3 hizalayıcı, GPU hızlandırma ile yapılan her bir milyon okumada, GPU olmadan süren dakikalar yerine, saniyeler içinde üç yanlış eşleşme hizalamasını bulabilmektedir. Bu, gelecekteki hastalıkların ve tedavilerinin anlaşılması için genomların daha önce sıralanmış ve incelenmiş olan genomlar ile karşılaştırılmak üzere sıralanarak bir araya getirilmesinin hızlı bir şekilde yapılabileceği anlamına gelmektedir.
• GSNP (SNP saptama) – Bir genom DNA’sında tek bir nükleotit polimorfizmi (SNP) varyasyonunu saptayan ve yaygın olarak kullanılan SOAPsnp yazılımının bir GPU hızlandırmalı versiyonudur. Bu DNA SNP varyasyonları, bireylerin hastalıkları nasıl farklı şekillerde geliştirdiği ve bakterilere, virüslere ve ilaçlara nasıl farklı tepkiler verdiklerini incelemek için kullanılabilir.
• GAMA (yüksek çözünürlüklü genotipleme aracı) – Bir gen grubunda göz rengi veya prostat kanseri eğilimi gibi belirli gen varyantlarının ortaya çıkması veya sıklığının dağılımını bulur.

NVIDIA Tesla iş birimi yöneticisi Sumit Gupta, “Bilimin 1.000 ABD Doları genom kilometre taşına ulaşmasının tek yolu, DNA verilerinin daha kolay, hızlı ve uygun maliyetli incelenmesine olanak veren teknolojiler yoluyla olacaktır” dedi ve sözlerine şöyle devam etti, “GPU hesaplama, araştırmacıların bilimsel uygulamalarda oyunun kurallarını değiştiren hızlanmalar elde etmelerini sağlayarak tüm kritik araştırmaların maliyetinin ve karmaşıklığının azaltılmasına yardımcı olmaktadır.”

BGI daha iyi ilaçlar geliştirme, sağlık olanaklarını iyileştirme ve genetik olarak iyileştirilmiş gıda geliştirme amacıyla bitkiler ve E.coliden dev pandaya kadar geniş bir aralıkta yaşam formları genomlarının diziliminde çığır açan çalışmalar yürütmektedir. BGI’nin sıralamasının yakında yılda 700.000 insan genomuna eşdeğer bir sayıyı aşması beklenmektedir. Bu, ilk çalışmalarda tek bir genom diziliminin yapılması için geçen 13 yıl ile karşılaştırıldığında çok önemli bir artış.

Tesla GPU’lar, NVIDIA CUDA® paralel hesaplama mimarisini temel alan büyük ölçüde paralel hızlandırıcılardır. Uygulama geliştiriciler CUDA C, CUDA C++, CUDA Fortran, ya da kullanımı kolay, basit direktif tabanlı derleyicileri kullanarak uygulamalarını hızlandırabilirler.

BGI hakkında daha fazla bilgi için BGI web sitesini ziyaret edin. Tesla GPU’lar ile ilgili daha fazla bilgi edinmek için Tesla web sitesini ziyaret edin. CUDA ile ilgili daha fazla bilgi edinmek için CUDA web sitesini ziyaret edin.

Daha fazla NVIDIA haberleri, şirket ve ürün bilgileri, videolar/görüntüler ve diğer bilgiler için NVIDIA haber odasını ziyaret edin.

NVIDIA Hakkında
NVIDIA (NASDAQ: NVDA) 1999 yılında GPU’yu bularak, dünyaya bilgisayar grafiklerinin gücünü gösterdi. Bugün, NVIDIA işlemcileri akıllı telefonlardan süper bilgisayarlara kadar geniş bir aralıkta ürünleri güçlendirmektedir. NVIDIA mobil işlemciler cep telefonlarında, tabletlerde ve bilgi eğlence sistemlerinde kullanılmaktadır. PC oyuncuları kendilerini içine alan büyüleyici dünyaların keyfini yaşamak için GPU’lara güveniyorlar. Profesyoneller, GPU’ları filmlerde görsel efektler oluşturmak ve golf kulüplerinden jumbo jetlere kadar her şeyi tasarlamak için kullanıyorlar. Araştırmacılar ise GPU’lardan yüksek performanslı hesaplama ile bilimin sınırlarını aşmak için yararlanıyorlar. Şirket, modern programlama için temel olan tasarımları ve anlayışları da kapsayan patentler dahil dünya çapında 2.100'den fazla patente sahiptir. Ayrıntılı bilgi için www.nvidia.com.tr adresine bakın.

Bu basın ilanındaki şu beyanları da içeren ama bunlarla kısıtlı olmayan: NVIDIA Tesla GPU’lar, NVIDIA CUDA paralel hesaplama mimarisi ve direktif tabanlı derleyicilerin etkisi ve avantajları; ile şirket patentlerinin modern hesaplama üzerindeki etkileri, ileriye yönelik ifadeler olup, sonuçların beklentilerden somut olarak farklı çıkmasına neden olabilecek risklere ve belirsizliklere tabidir. Gerçek sonuçların somut olarak farklı olmasına neden olabilecek önemli etkenlerden bazıları şunlardır: küresel ekonomik koşullar; daha etkin veya hızlı teknolojilerin geliştirilmesi; teknolojik gelişme ve rekabetin etkileri; tasarım, imalat veya yazılım kusurları; tüketicilerin tercihleri veya taleplerindeki değişiklikler; sektör standartları ve arayüzlerinde değişiklikler; sistemlere entegre edildiklerinde ürün veya teknolojilerimizde yaşanabilecek beklenmedik performans kaybı ve 31 Temmuz 2011'de sona eren mali dönem için 10-Q Formu da dahil olmak üzere NVIDIA'nın ABD Sermaye Piyasası Kurulu'na sunduğu raporlarda zaman zaman ayrıntılarıyla belirttiği diğer unsurlar. SEC'e gönderilen raporların kopyaları Şirket web sitesinde yayınlanmaktadır ve NVIDIA'dan ücretsiz olarak edinilebilir. Bu ileriye yönelik beyanlar gelecekteki performansın garantisi değildir ve sadece buradaki tarihten itibarendir ve kanun tarafından gerekmediği sürece, NVIDIA gelecekteki olayları veya durumları yansıtmak amacıyla bu ileriye yönelik beyanları güncelleme zorunluluğunu reddeder.

###

© 2011 NVIDIA Corporation. Her hakkı saklıdır. NVIDIA, NVIDIA logosu, CUDA ve Tesla; NVIDIA Corporation’un ABD ve diğer ülkelerde ticari markaları ve/veya tescilli ticari markalarıdır. Diğer şirket ve ürün adları, bağlantılı oldukları ilgili şirketlerin ticari markaları olabilir. Özellikler, fiyatlar, stokta mevcudiyet ve teknik özellikler, önceden haber vermeden değiştirilebilir.